南京城很大，人很多，富人也很多。所以流寇们的洗劫速度很慢，因为需要搬运的财富太多了，而更多的流寇被那些大户人家里的夫人丫鬟小姐等所吸引也也严重影响了速度。李自成并没有参与到这样的劫掠中去他带着手下五千精锐朝着南京留守衙门而去，攻陷了这么多城池他知道哪里的财富相对集中，更何况南京城还有一座皇城，虽然皇帝已经两百多年不住在哪里了，但是想来许多摆设映带值钱的。只是想不到的时候他们来带留守衙门的时候俊然遇到的阻碍，这让李自成觉得很奇怪。在他看来南京城现在剩下两种人，要么就是战死在城墙上的那些大头兵，要么就是贪生怕死如冯铨之辈，现在十几万人进城了还抵抗有什么意义？只是等他赶到战场的时候却听到了熟悉的枪声。三个团负责防守留守衙门和皇城，不过正是因为是皇城所以有完善的工事，这些提前来到的毛钰第2军的将士们用火枪告诉流寇这里是皇城重地，生人勿进！
听到那整齐的枪声，李自成还是忍不住为那些人点赞，他认为都两百年了，皇城里还有这么多忠诚的守卫，说明皇城还有不少的宝贝。所以他没有犹豫指挥者军队疯狂地攻击皇城，并且不断派遣传令兵前去集结军队前来。
皇城的城墙上，马士英阴沉着脸看着那些淡定从容地将士在阻击着墙外的流寇，他当初被告知流寇进城的时候也是想着赶紧回家，结果就传来了流寇四处烧杀抢掠的消息，他知道自己没有和高宏图一样坚持抵制流寇进城怕是要被千夫所指了。结果皇城门开了，里面出来了很多穿着整齐军装的人告诉他们全部退入皇城躲避。马士英还以为自己是碰到了朱允炆皇帝了，这里的皇城自从成祖之后基本上也就是每年安排人大嫂维修一两次。现在居然冒出来这么多军人。不过很快有人认出来这是毛钰的军队。
不过马士英很快就认出来这是毛钰的军队，心中狂喜找到一个带队的长官就要求他们出去平乱。不过被拒绝了，虽然他们有四千多人，但城内可是进来了十几万的流寇。马士英想想也对，如果能够保住留守衙门和皇城，毛钰也算对得起大明朝廷了。
